Siebe Wylin begon met voetballen bij KSV Roeselare, maar werd al snel opgenomen in de jeugdopleiding van Club Brugge, waar hij van U8 tot U16 doorliep.
In 2019 maakte hij de overstap naar KV Oostende. Daar maakte hij zijn debut in de Jupiler Pro League, in een wedstrijd tegen STVV.
In de zomer van 2024 keerde Siebe Wylin terug naar Blauw-Zwart en sloot aan bij Club NXT U23.