Boyata vertrok in 2006 op 15-jarige leeftijd naar het Engelse Manchester City om daar zijn jeugdopleiding af te werken. In 2009 maakte hij voor het eerst deel uit van de wedstrijdselectie van toenmalig trainer Roberto Mancini. Nadien groeide Boyata uit tot vaste waarde bij Celtic Glasgow. Bij de Schotse topclub werd hij maar liefst 4 keer landskampioen, won hij 3 keer de beker en 3 keer de League Cup. De 30-voudige Rode Duivel brengt een pak ervaring met zich mee na 2 Champions Leaguedeelnames, 3 keer groepsfase Europa League en 1 WK. In 2019 maakte Boyata de overstap naar de Duitse Bundesliga, waar hij uitkwam voor Herta BSC.
In de zomer van 2022 trok de aanvoerder van Hertha naar Club Brugge. Hij tekende een contract tot medio 2025.